První instituce, dokumentující vývoj tehdy ještě zahraničního vojska, začaly vznikat u čs. legií v Rusku. Již u České družiny, zformované v Kyjevě v srpnu 1914, působil historik a archivář (Jaroslav Heyduk), přičemž u všech dalších postupně vznikajících pluků bylo vždy dbáno na vytvoření obdobné funkce. V červenci 1917 rozhodlo vedení čs. odboje v Rusku reprezentované Odbočkou Čs. národní rady o zřízení svého politického archivu a v červnu 1919 vzniklo historické oddělení při štábu Čs. vojska na Rusi, v jehož čele stanul PhDr. František Šteidler. Úkolem oddělení bylo sbírat, chránit a zpracovávat historický materiál, který se týkal života čs. vojska. Oddělení řídilo jak práci divizních a plukovních historiků, tak činnost centrálního vojenského archivu. V této době se ještě nejednalo o klasické archivní instituce v dnešním smyslu, ale již měly za úkol podchytit a zdokumentovat činnost složek čs. zahraničního odboje.
Myšlenka na vybudování archivní instituce pro čs. odboj se realizovala také na území nově vzniklého Československa. V polovině ledna 1919 vznikl při Zemském archivu v Praze Archiv národního osvobození, jehož činnost řídil PhDr. Jaroslav Werstadt. Úkolem tohoto archivu mělo být shromažďovat a uchovávat dokumenty politických orgánů domácího i zahraničního odbojového hnutí.
Další institucí, která se v budoucnu měla významně podílet na činnosti vojenského archivnictví byl Památník odboje, zřízený na základě výnos MNO 4.5.1919. Kromě historického oddělení se jeho součástí stal archiv legií, muzeum, ústřední fotografické sbírky a výtvarné oddělení. Vzhledem k absenci vhodné budovy byla ale první část vojenského archivu ruských legií, převezená do Prahy v červenci 1919, dočasně uložena v prostorách Národního muzea, kde již sídlil Archiv národního osvobození.
Poslední složkou patřící do systému vojenského archivnictví se stal Archiv MNO, zřízený v listopadu 1920 v zeměbraneckých kasárnách na Pohořelci. Jeho úkolem bylo přijímat a zpracovávat písemnosti vzniklé z činnosti součástí nové čs. armády a současně uchovávat materiály pocházející od bývalé rakousko-uherské armády, získané buď od jejich teritoriálních orgánů na našem území nebo delimitací z vídeňského Kriegsarchivu. Fakticky plnil úkoly správního archivu. V březnu 1924 byl sloučen s historickou skupinou operačního oddělení Hlavního štábu čs. branné moci a přejmenován na Vojenský archiv Republiky československé. V únoru 1926 se spojil s Vojenským muzeem působícím v karlínské Invalidovně a nadále figuroval pod názvem Vojenský archiv a vojenské muzeum Republiky československé.
Postupně se tak v průběhu 1. poloviny 20. let minulého století vytvořila tři archivní centra (Archiv národního osvobození při Zemském archivu, Památník odboje s archivem legií a Vojenský archiv – Vojenské muzeum RČS) soustřeďující písemnosti voj. charakteru.
Koncem 20. let došlo k procesu, který směřoval ke sloučení těchto center v jednu instituci. Dnem 28.10.1929 byl zřízen Památník osvobození, jehož součástí se staly všechny výše zmíněné instituce. Ke své činnosti využíval nové budovy postavené na úpatí pražského Vítkova. Stal se integrujícím prvkem vědeckého uchovávání a zpracovávání všech pramenů o národněosvobozeneckém boji. Sjednocením jednotlivých archivních center byl dán předpoklad pro provedení vnitřní kompletace archivních fondů a jejich odborné archivní zpracování.
Do vnitřní struktury Památníku osvobození patřila také dvě archivní oddělení. Dosavadní Archiv národního osvobození se stal základem pro tzv. Politický archiv, v jehož čele stál PhDr. Werstadt, zatímco sloučením legionářského archivu Památníku odboje a Vojenského archivu RČS vznikl tzv. Vojenský archiv, který řídil PhDr. Šteidler. U posledního z uvedených archivů se prolínala činnost archivu konečného uložení s činností správního archivu. Následující období bylo nejdříve spojeno s přestěhováním archivních fondů z dosavadních prostor do nových budov. Poté se činnost archivních oddělení zaměřila na práci historicko-zpracovatelskou, publicistickou, ediční a přednáškovou. Vědecká práce archivářů se však spíše koncentrovala na zpracování vybraných historických témat, než na rozvíjení odborné archivní činnosti.
Další vývoj čs. vojenského archivnictví koncem 30. let a v první polovině 40. let výrazně poznamenaly události spojené se zánikem Československa a vypuknutím 2. světové války. Krátce před březnovou okupací v roce 1939 byla provedena skartace vybraných písemností zpravodajského, mobilizačního a operačního charakteru nacházejících se u složek čs. armády, včetně MNO a Hl. štábu. Po příchodu německého vojska a zavedení okupační správy se písemnosti likvidované čs. armády hromadně odvážely do pražské Invalidovny, která začala být pro účely ukládání archiválií využívána již od roku 1938. Archivní materiál od Památníku osvobození i spisový materiál od vojenských útvarů byl za okupace začleněn do systému archivní služby Wehrmachtu. Pro jeho uchovávání a využívání byla vytvořena pobočka říšského voj. archivu v Postupimi, tzv. Heeresarchiv-Zweigstelle Prag. Během okupace se pokračovalo v odborné archivní práci, přičemž v archivu zůstali i někteří čeští archiváři. S koncem války byla část písemností evakuována mimo Prahu, např. fondy čs. legií z Ruska na zámek Hrubý Rohozec u Turnova, materiály rakouské provenience a z bojů na Slovensku v letech 1918 až 1919 na zámek Doksany u Terezína, zatímco fondy ŘOPu byly odvezeny nejprve do Vídně a později do saského Freibergu. Koncem 2. světové války byly budovy Památníku i karlínské Invalidovny proměněny německou armádou v opevněné body, přičemž část archivních materiálů byla použita k zabarikádování oken. K přímému boji však naštěstí nedošlo a archiválie mohly být uloženy na své původní místo.
Po skončení 2. světové války a faktickém znovuobnovení Československa bylo zřejmé, že původní koncepci prvorepublikovou Památníku osvobození bude nutné změnit, protože kromě materiálů prvního čs. odboje a bývalé rakousko-uherské armády bylo zapotřebí zabezpečit i péči o písemnosti čs. armády z let 1918 až 1939 a dokumenty z období okupace a 2. světové války, včetně kořistních fondů. Proto byl 29.5.1945 zřízen Vojenský ústav vědecký, jehož součástí se kromě Památníku osvobození, knihovny a muzea stal také Vojenský ústřední archiv. S krátkým odstupem (10.6.1945) byl Vojenský ústav vědecký přejmenován na Vojenský historický ústav (VHÚ). Součástí obnoveného Památníku osvobození bylo někdejší politické archivní oddělení a vojenské archivní oddělení, které spravovaly fondy 1. a 2. odboje. Ve Vojenském ústřední archivu, řízeném PhDr. Šteidlerem, byly uloženy písemnosti rakousko-uherské armády, předmnichovské čs. armády a tzv. okupační fondy, v důsledku čehož se v jeho případě prolínala funkce konečného archivu se správním archivem.
Mezi první kroky po osvobození patřila snaha o navrácení archivních fondů převezených na konci války mimo Prahu do pražské Invalidovny, což se podařilo provést do poloviny roku 1946. Následně došlo k rozdělení písemností předmnichovské armády na dvě skupiny. Dokumentace starší 20ti let (tj. vzniklá do roku 1926) zůstala ve VÚA, zatímco mladší materiály byly vráceny MNO a ostatním součástem čs. armády, čímž se měla zabezpečit správní kontinuita nových orgánů s jejich předchůdci. Na druhé straně to vedlo k rozmanipulování celé řady archivních fondů.
Po únoru 1948 během četných organizačních změn postupně zanikl Památník osvobození, i když oficiálně nikdy nebyl prohlášen za zrušený. Obě jeho archivní oddělení byla společně s knihovnou začleněna do historického oddělení VHÚ a jejich činnost více méně spočívala v servisu pro zpracovatelskou agendu tohoto oddělení VHÚ.
Snížil se i význam VÚA, kdy po odchodu kvalifikovaných archivářů (včetně jeho ředitele PhDr. Šteidlera) opadl zájem o studium jeho fondů. Vzhledem k převládající administrativní a správní činnosti nad odbornou archivní činností docházelo k paradoxní situaci. Písemných materiálů v archivu stále přibývalo, ale ten se archivně nezpracovával, nýbrž se hromadil ve skladech. Fondy druhého odboje byly společně s trofejními materiály před širokou badatelskou veřejností uzavřeny a zapůjčovaly se v podstatě jen orgánům Ministerstva vnitra.
Zásadní změna v postavení i struktuře archivních složek VHÚ nastala v roce 1955, kdy došlo ke sjednocení archivu historického oddělení VHÚ (tj. bývalých archivů Památníku osvobození) s VÚA, který se zároveň na základě nařízení vlády o vytvoření jednotného archivního fondu a zodpovědnosti jednotlivých resortů za jimi spravované archivy stal v systému celostátního archivnictví archivem zvláštního významu. Na první pohled šlo o ideální organizační složení, avšak fakticky ke sjednocení archivních fondů VÚA s fondy bývalých archivů Památníku osvobození nedošlo. VÚA v tomto období plnil úkoly jak archivu konečného, tak správního, což vyvolávalo neustále rozpory.
Potřeba vytvořit novou strukturu vojenského archivnictví a postavit ji na úroveň požadavků soudobé archivní vědy vyvolala řadu návrhů, z nichž vzešel v roce 1959 konečný koncept spisové a archivní služby. K 31.3.1959 zanikl dosavadní Vojenský ústřední archiv a místo něj 1.4.1959 vznikl Vojenský historický archiv VHÚ Praha, jako konečný archiv resortu, a Archiv ČSLA Olomouc s čistě správní funkcí jako mezistupeň v péči o dokumenty při jejich putování od původce a spisoven až do konečného archivu. Ke stejnému datu vznikl Archiv Ministerstva národní obrany v Praze, který byl v letech 1969 až 1992 organizačně začleněn jako samostatné oddělení do Archivu ČSLA. O personální dokumentaci se nadále staral již od května 1945 existující Vojenský spisový úřad v Hradci Králové, přejmenovaný 1.4.1959 na Archiv vojenské evidence osob a v roce 1967 přemístěný do Trnavy.
Šedesátá léta minulého století byla ve VHA charakteristická snahou o zkvalitnění odborné archivní činnosti. Rekonstrukce a tvorba archivních fondů na základě uplatňování odborných principů směřovaly k vytvoření fungujícího rezortního archivního systému. Archiv mohl lépe plnit jeden ze svých hlavních úkolů – zpřístupňování archiválií pro veřejnost i díky tomu, že v roce 1961 byla v budově Invalidovna zřízena badatelna a ke studiu byly uvolněny dříve nepřístupně fondy. VHA se v průběhu 10ti let změnil na specifické vědecké pracoviště, které přestalo být okrajovou součástí VHÚ a ze zaostalého archivu se přiblížil nejvyspělejším státním archivům. Svými prostředky nejenom vytvářel širokou bázi vědeckého výzkumu a rezortní dokumentace, ale sám se i aktivně podílel na rozvoji tvůrčí práce v oblasti historiografie. Významný podíl na tom měl i náčelník VHA v letech 1958 až 1973 pplk. PhDr. Vojtěch Fejlek, CSc.
Na počátku 70. let ale dopadl i na VHA normalizační proces. Průběh tzv. čistek se projevil v nuceném odchodu významných odborných pracovníků, kteří se nejvíce přičinili na profesním vzestupu archivu v 60. letech (jednalo se o 1/3 všech příslušníků archivu). Opět se objevily snahy, aby VHA poskytoval pouze servis pro ideologickou činnost v armádě. Od poloviny 80. let se v některých oblastech podařilo navázat na činnost archivu v 60. letech. Velký důraz se kladl na péči o fyzický stav archiválií, protože budova Invalidovny nebyla a dodnes není vhodným objektem pro ukládání jedinečných archivních dokumentů zahrnujících také několik archivních kulturních památek.
Po listopadu 1989 bylo ve vojenském archivnictví odbouráno vše, co souviselo s ideologickou činností v armádě. VHA se více otevřel civilní veřejnosti a díky nástupu zkušených archivářů, mohl rehabilitovat svoji dosavadní odbornou činnost a konstituovat se v odborně zdatnou archivní instituci. Ve zvýšené míře se rozeběhla inventarizace archivních materiálů, v důsledku čehož se zpřístupnění archivních fondů a sbírek VHA postupně zvýšilo z počátečních 15% na současných 40 %, a to při nárůstu celkového množství materiálů z 13 km na 19 km. Zároveň byly vydávány kvalitní edice dokumentů a začalo se pracovat na Průvodce po fondech VHA z let 1939 až 1945, který byl dokončen v roce 1998. Mezitím došlo v důsledku zániku ČSFR a vzniku dvou nástupnických států k archivní rozluce, která byla realizována v letech 1994 až 1996.
Významnou událost ve vývoji vojenského archivnictví představoval vznik Vojenského ústředního archivu 1.5.1999, kdy se v jeho organizačním rámci sloučily VHA Praha, AMO Praha a VSA Olomouc. Těsné organizační propojení konečného archivu i obou správních archivů lze hodnotit kladně, protože uvedený krok korespondoval s potřebami rozvoje této činnosti v rámci resortu obrany. Deset let existence Vojenského ústředního archivu ukazuje, že systém archivní a spisové služby v resortu funguje lépe než dříve.
Z počátku se sice projevovaly tendence prosazovaná dřívějším velením archivu přiblížit jeho činnost klasickému vojenskému útvaru (včetně hospodářských dnů), ale po určité době se přeci jenom prosadily i odborné stránky činnosti archivu jako jedinečné instituce v rámci rezortu. Životaschopnost nového organizačního celku prověřily i povodně v roce 2002. Odborná činnost neustala a v současnosti kromě rekonstrukce zaplavených archivních fondů, která bude pokračovat ještě v příštím desetiletí, probíhá také inventarizace nezpracovaných archivních fondů, vytvářejí se počítačové databáze příslušníků 1. i 2. odboje, přístupné na webových stránkách archivu a od roku 2005 se vydávají archivní ročenky, obsahující mimo jiné i tématické edice dokumentů. Na sklonku roku 2006 byla v rámci VÚA zahájena činnost digitalizační linky, čímž začal plnit povinnost stanovenou zákonem o archivnictví o zhotovení kopií všech matričních knih a jejich odevzdání Národnímu archivu, společně se zajištěním uživatelských kopií pro potřeby badatelů. Naskenované archivní fondy by se měly stát základem digitální badatelny, jejíž zřízení se předpokládá po přestěhování VÚA do rekonstruované budovy v Praze–Ruzyni v roce 2012, i když je možné, že se vzhledem úsporám v resortu obrany (pro rok 2010 jsou prostředky vyčleněné pro VÚA kráceny o 40%) stěhování uskuteční později. V budoucnu by měl v rámci VÚA taktéž vzniknout resortní digitální a bezpečnostní archiv. Pracovníci archivu se taktéž zúčastňují celé řady historických konferencí a odborných seminářů. Podílejí se i na přípravě příslušníků spisové služby resortu a vytvoření předpisu Adm–1–1 pro spisovou a archivní službu, čímž byla po více než 10 letech zacelena mezera v existenci vnitroresortní normy uvedeného stupně.
V rámci VÚA se taktéž intenzivně rozvíjí mezinárodní spolupráce. Velmi těsné pracovní kontakty udržuje především s Vojenským historickým archivem v Bratislavě a Vojenským archivem v Trnavě. Mimo to jsou zaměstnanci archivu systematicky vysíláni na studijní pobyty do vojenských archivů v SRN, Rakousku, Polsku nebo Maďarsku, jejichž pracovníci naopak přijíždějí studovat archiválie do našeho archivu. Kromě toho náš archiv v posledních dvou letech navštívili oficiální delegace z Albánie, Estonska, Slovinka, Srbska, SRN a Ruské federace. Praktickým výsledkem mezinárodní spolupráce byla i mezinárodní výstava o čs. legiích v Rusku v letech 1. světové války, uspořádaná v loňském roce v Moskvě a na Pražském hradě v součinnosti s Ruským státním vojenským archivem. Kromě toho se již od roku 1999 podílíme na činnosti Archivního výboru NATO a Archivu NATO. Dále se od roku 2005 zástupce VÚA aktivně zúčastňuje zasedání Archivního výboru Mezinárodní asociace vojenských historiků a přispívá do odborného periodika tohoto výboru. Prezentace činnosti VÚA také od roku 2001 probíhá na mezinárodním veletrhu IDET, jehož jubilejní 10. ročník proběhl počátkem tohoto měsíce v Brně.
Vedoucí představitelé vojenských archivů od roku 1919Legionářský archiv Památníku odboje
| PhDr. František Šteidler | 1919 až 1929 |
Archiv MNO – Vojenský archiv Republiky československé
| plk. pěch. Rudolf Polz | 1920 až 1926 |
| škpt. konc. Florián Zapletal | 1926 |
| brig. gen. Kamil Holý | 1926 až 1928 |
| plk. pěch. Rudolf Polz | 1928 až 1929 |
Vojenské archivní oddělení Památníku osvobození
| PhDr. František Šteidler | 1929 až 1939 |
Politické archivní oddělení Památníku osvobození
| PhDr. Jaroslav Werstadt | 1929 až 1939 |
Vojenský archiv Památníku osvobození Vojenského historického ústavu
| PhDr. Jaroslav Werstadt | 1945 až 1947 |
| RNDr. Rostislav Rajchl | 1947 až 1948 |
Politický archiv Památníku osvobození Vojenského historického ústavu
| pplk. Eduard Kubala | 1945 až 1948 |
Archiv Památníku osvobození Vojenského historického ústavu
| RNDr. Rostislav Rajchl | 1948 až 1949 |
| Miroslav Janovský | 1949 až 1950 |
| škpt. Josef Janda | 1950 až 1951 |
| PhDr. Jan Durdík | 1951 až 1954 |
| PhDr. Dana Nývltová | 1954 až 1955 |
Vojenský ústřední archiv Vojenského historického ústavu
| PhDr. František Šteidler | 1945 až 1949 |
| plk. Ing. Viktor Tomský | 1949 až 1953 |
| pplk. Josef Hodač | 1953 až 1958 |
| pověřen mjr. Jan Kroupa | 1958 |
| pplk. PhDr. Vojtěch Fejlek, CSc. | 1958 až 1959 |
Vojenský historický archiv Vojenského historického ústavu
| pplk. PhDr. Vojtěch Fejlek, CSc. | 1959 až 1973 |
| plk. PhDr. Ladislav Kopecký, CSc. | 1973 až 1988 |
| pověřen pplk.Ján Semáč | 1989 |
| plk. PhDr. Jiří Krupička, CSc. | 1989 až 1990 |
| prom. hist. Ivan Šťovíček, CSc. | 1990 až 1994 |
| PhDr. Růžena Hlušičková, CSc. | 1994 až 1996 |
| PhDr. Július Baláž, CSc. | 1996 až 1999 |
Vojenský ústřední archiv
| plk. Ing. Jan Koňarik | 1999 až 2003 |
| plk. Mgr. Josef Žikeš | 2003 až dosud |