Do 3.etapy odsunu byly ze součástí Střední skupiny vojsk během ledna až června 1991 zařazeny kromě zbytku 18.gardové Insterburgské motostřelecké divize rovněž útvary letectva (zejména 114.Talinský stíhací letecký pluk, 173.smíšená letka a 199.vrtulníková letka), spojovacího či ženijního vojska nebo technického zabezpečení, společně s útvary zajišťujícími ostrahu velitelství Střední skupiny vojsk (721.gardový motostřelecký pluk a 81.prapor průzkumu a REB ze sestavy již odsunuté 15.gardové Mozyrské tankové divize, doplněné samostatným 259.praporem ochrany a zabezpečení). Zároveň byl dokončen odvoz materiálních zásob.
Z letiště Boží Dar u Milovic byly během 3.etapy odsunuty zbývající útvary letectva Střední skupiny vojsk, které jej převzalo společně s dalšími třemi letišti na podzim 1968. Na přelomu září a října ho musela opustit řada útvarů čs. letectva. Do Pardubic se přestěhoval 47.průzkumný letecký pluk s letouny MiG-21, MiG-15 a Il-28, společně s 22.letištním praporem a 2.praporem radiotechnického zabezpečení (RTZ). Novým působištěm 311.vrtulníkového roje s vrtulníky Mi-1 a Mi-4 se stalo letiště Kbely. Výcvikové středisko letectva s letouny MiG-21 a L-29 se redislokovalo do Brna. Zároveň letiště vyklidily tzv. „S“ roty“, což byly speciální jednotky čs. armády připravené před rokem 1968 zabezpečovat v případě potřeby činnost útvarů sovětského letectva na našem území. Do Žatce se přesunula 2.rota RTZ a 22.letištní rota, zatímco 102.spojovací rota našla přístřeší v Chomutově. Vrtulníková letka 13.tankové divize se přestěhovala do Trenčína, kde v následujícím roce zanikla. Celkem letiště opustilo letounů a vrtulníků, zatímco z kasáren odešly dva tisíce vojáků. V souhrnu došlo k uvolnění objektů o ploše 9600 m2 pro ubytování a 9900 m2 pro skladování. Na letišti v době invaze přistál sovětský 159.gardový Novorossijský stíhací letecký pluk s 40 letouny MiG-21S z polského Kluczewa, který na přelomu srpna a září doplnila letka od 10.průzkumného leteckého pluku s letouny MiG-21R z běloruského Ščučinu. Vzhledem k umístění velitelství sovětských intervenčních vojsk a velitelství 4.letecké armády zde operovalo i velké množství dopravních letadel a vrtulníků. Po odsunu invazních vojsk se letiště stalo domovem pro velení 131.Novgorodské smíšené letecké divize a 390.smíšený letecký pluk s letkou průzkumných letounů MiG-21R, letkou dopravních letounů An-8, Il-14 a letkou vrtulníků Mi-4. V polovině 70.let pluk zanikl a nahradily ho 100.průzkumná letka s letouny MiG-21R a 173.smíšená letka s dopravními letouny An-8, An-24, Il-14 a vrtulníky Mi-8. V roce 1975 byl na letiště přemístěn 114.Talinský stíhací letecký pluk s letouny MiG-21PFM ze Sliače, přezbrojený po krátké době na letouny MiG-23M. Na sliačské letiště se naopak redislokovala 100.průzkumná letka. V roce 1988 se zmíněná letka vrátila do Mladé, to ale již disponovala průzkumnými letouny Su-17M3R. V 80.letech se obměnil letecký park 173.smíšené letky, která disponovala letouny An-12, An-26, Tu-134 a vrtulníky Mi-8, Mi-6. Na sklonku 80.let rovněž začalo přezbrojování stíhacího pluku na letouny MiG-29. Kromě toho na letišti v letech 1975 až 1989 působila vrtulníková jednotka (nejprve odřad, později letka) 15.gtd. Počátkem roku 1990 se zde nacházelo velitelství 131.Novgorodské smíšené letecké divize (VÚ-79510, velitel genmjr. Sevastjanov), 114.Talinský stíhací letecký pluk (VÚ-19981), do podzimu 1989 i 100.průzkumná letka (VÚ-26214, přesunutá na letiště Hradčany a odsunuta z ČSSR v květnu 1990), 173.smíšená letka (VÚ-80676), 570.letištní prapor (VÚ-97873), 649.prapor spojení a RTZ (VÚ-24759), 170.letištní rota (VÚ-22268), 1108.spojovací prapor (VÚ-57715), 1916.prapor automatizovaného velení (VÚ-23447) a 4306.opravárenská technická základna (VÚ-22012, odsunuta v srpnu 1990). Dále zde byla dislokována řada menších útvarů a jednotek. V souhrnu u 131.smíšené letecké divize v Milovicích sloužilo 1900 vojáků a 170 občanských pracovníků. Pro potřeby leteckých útvarů zde bylo uloženo 2500 tun munice. Odsun 114.stíhacího leteckého pluku proběhl na přelomu let 1990 a 1991. Odjezd prvního železničního transportu se uskutečnil 19.12.1990 z nádraží ve Vlkavě a po něm následovaly další dva ve dnech 28.-31.1.1991. Letový sled v podobě 34 letounů MiG-23 a MiG-29, z čehož bylo 28 vykazováno jako bojových, opustil letiště Boží Dar 21.1.1991. Novým působištěm pluku se stalo letiště Ivano-Frankovsk na teritoriu Přikarpatského vojenského okruhu. Odsun zabezpečovacích útvarů byl poměrně zdlouhavý. Nejprve na přelomu ledna a února odjel dvěma transporty 649.prapor spojení a RTZ, ale 570.letištní prapor vagónoval 10 transportů průběžně od konce února do počátku června na nádražích v Milovicích, Luštěnicích i Vlkavě.
Letecká technika 199.vrtulníkové letky odletěla v několika sledech z Milovic, byť se do července 1990 nacházela v Hradčanech. Nejprve 23.1.1991 opustily Československo tři vrtulníky (pravděpodobně tři Mi-8PPA) a 18.3.1991 je následovalo dalších 11 strojů (pravděpodobně šest Mi-8, dva Mi-24K, dva Mi-24R a jeden Mi-6). Letku zabezpečovala 244.letištní rota, která odjela z nádraží v Milovicích 20.3.1991. Poslední letecký útvar Střední skupiny vojsk představovala 173.smíšená letka s 8 dopravními letouny (pět An-26, dva An-12, jeden Tu-134) a 7 vrtulníky. Její pozemní sled odjel z nádraží ve Vlkavě 17.5.1991, zatímco 6 vrtulníků Mi-8 společně s jedním strojem Mi-22 vzlétlo k návratu do Sovětského svazu 20.5.1991 a po mezipřistání ve Sliači následujícího dne opustily náš vzdušný prostor. Jeden z vrtulníků Mi-8 při cestě do Sliače narazil za nepříznivého počasí do svahů pohoří Vtáčnik a čtyři letci na jeho palubě zahynuli. Již 15.5.1991 odjela z nádraží v Lysé nad Labem 170.letištní rota, která doposud zabezpečovala činnost uvedené letky. Dalších 5 dopravních letounů 173.smíšené letky odletělo v období 27.-29.5.1991 a jako poslední opustily Československo dva dopravní letouny v období 17.-19.6.1991. Letiště Boží Dar, respektive přilehlý kasárenský areál, mezitím průběžně vyklízely zbývající útvary sovětského letectva. Během ledna a února odjel z Milovic 1916.prapor automatizovaných systémů velení, v květnu 1108.spojovací prapor a na přelomu května a června i zbývající část 83.letištního stavebního praporu. Personál a techniku velitelství 131.Novgorodské smíšené letecké divize odvezly dva železniční transporty vypravené 25.-27.5.1991 z nádraží ve Vlkavě. Uvolněné letiště převzala čs. armáda koncem června 1991, ale pro svoje potřeby je nevyužila.
Již v březnu byl vyklizen sklad leteckého technického materiálu v Milovicích a sklad letecké munice v Dětřichově, kde bylo uloženo 15.000 tun munice. Na sklonu měsíce května 1991 ještě odjel z Hradčan transport s příslušníky oddělení stavební a ubytovací služby, kteří předávali opuštěné kasárenské objekty novým uživatelům.
Postupně se do Sovětského svazu vracely i zbývající útvary spojovacího či ženijního vojska nebo technického zabezpečení. Z Československa tak byly odsunuty 75.prapor oprav ženijní techniky z Milovic (leden a duben-květen 1991), 651.prapor oprav tankové techniky z Milovic (únor-březen 1991), hlavní část 304.spojovacího praporu z Milovic (březen 1991, první část v říjnu 1990), 821.radioreleový prapor z Jiřic (březen 1991), 556.automobilní prapor z Luštěnic (březen 1991), 310.spojovací prapor z Jičína (březen-duben 1991), 635.radioreleovýkabelový prapor z Jiřic (duben 1991), 670.rota specnaz z Bohdanče (duben 1991), hlavní část 233.radiotechnického pluku z Bohdanče (březen-duben 1991, první část v listopadu 1990), hlavní část 130.spojovacího pluku z Jiřic (březen-květen 1991, první část v říjnu 1990), 563.pontonový prapor z posádky Vrchbělá (březen-červen 1991), 144.automobilní prapor z Luštěnic (květen-červen 1991), 7.spojovací brigáda z Milovic (duben-červen 1991, jednotky z Olomouce odsunuty v říjnu 1990) a 1637.stavební prapor z Milovic (červen 1991).
K závěru se chýlilo i vyklízení týlových zařízení. Během měsíce března bylo ukončeno ve skladu tankového materiálu v Ústí nad Orlicí (uloženo 7000 tun materiálu). V dubnu následovalo uvolnění chemického skladu v Olomouci-Bystrovanech (uloženo 1740 tun materiálu), spojovacího skladu v Olomouci-Bystrovanech a u Rohelské brány (uloženo 6000 tun materiálu), skladu dělostřelecké munice v Týništi nad Orlicí (uloženo 4100 tun materiálu), skladu ženijní munice v Libavé-Smilově (uloženo 9300 tun materiálu) či skladu proviantu v Luštěnicích (uloženo 2100 tun materiálu). V témže měsíci odjeli i příslušníci polních pekáren z Luštěnic a vojenské nemocnice z Jaroměře. V květnu je následoval personál vojenské nemocnice z Kostelce nad Černými lesy, skladu proviantu z Butovsi (uloženo 3000 tun materiálu), skladu automobilního materiálu z Nemšové (38.700 tun materiálu), skladu výstroje z Jaroměře (uloženo 8200 tun materiálu) a skladu dělostřelecké munice z Květné (uloženo 58.060 tun materiálu).
Z bojových útvarů byly v rámci 3.etapy odsunovány pouze 721.gardový motostřelecký pluk (bez jednoho motostřeleckého praporu a tankové roty, které odjely již během 2.etapy) a 81.prapor průzkumu a REB ze sestavy 15.gardové Mozyrské tankové divize. Společně se samostatným 259.praporem ochrany a zabezpečení zajišťovaly střežení velitelství Střední skupiny vojsk v Milovicích. Odjezd cca 1200 příslušníků 721.gardového motostřeleckého pluku proběhl ve 12 železničních transportech ve dnech 22.3.-20.5.1991. Dalších 120 vojáků bylo do vlasti přepraveno letounem Il-76. Útvar měl mimo jiné ve své výzbroji 127 bojových vozidel pěchoty. Zbývajících 29 tanků opustilo Československo ve dvou železničních transportech, z nichž poslední s 12 tanky T-72 odjel z Milovic 27.3.1991 v 16.45 a do Polska byl vypraven ze stanice Petrovice u Karviné 29.3.1991 v 17.58. Výše zmíněný 259.prapor ochrany a zabezpečení byl odsunut z Milovic třemi transporty 11.3.1991 a 21.-28.5.1991. Obrněné transportéry BTR-70 v počtu 10 vozidel byly odvezeny již březnovým převozem. Necelých dvě stě příslušníků 81.praporu průzkumu a REB opustilo Milovice dvěma transporty 25.-27.5.1991 a odvezlo si 10 bojových vozidel pěchoty. Jednalo se o poslední obrněnou techniku z výzbroje nyní již zaniklé Střední skupiny vojsk.
Jako poslední útvar Střední skupiny vojsk byl odsunut 1637.stavební prapor, jehož v pořadí třetí transport s číslem 580 137 převážející cca 200 vojáky odjel z milovického nádraží 20.6.1991 v 10.27 dopoledne a Československo opustil přes železniční stanici Čierna nad Tisou 21.6.1991 v 19.58 večer. Pracovníci oddělení stavební a ubytovací služby, kteří předávali prázdné kasárenské objekty novým uživatelům, opustili Milovice 19.6.1991. Příslušníci velitelství Střední skupiny vojsk odjížděli průběžně pravidelným rychlíkem R-52 Milovice-Moskva.
Protokol o ukončení odchodu sovětských vojsk z území ČSFR podepsali zmocněnci obou vlád 25.6.1991 na ministerstvu zahraničních věcí v Černínském paláci za přítomnosti ministra zahraničních věcí Jiřího Dienstbiera, ministra obrany Luboše Dobrovského a sovětského velvyslance Borise Pankina. Dnem podpisu protokolu oficiálně skončil „dočasný“ pobyt sovětských vojsk. Poté následovalo přijetí u předsedy Federálního shromáždění Alexandra Dubčeka. Během tiskové konference genplk. Eduard Vorobjov potvrdil, že se na území Československa dříve nacházelo určité množství jaderné munice. Odpoledne ještě oba zmocněnce za doprovodu sovětského velvyslance Borise Pankina, předsedy parlamentní komise Michaela Kocába a náčelníka Správy pro odchod sovětských vojsk genmjr. Svetozára Naďoviče přijal prezident republiky Václav Havel. Následujícího dne se na sovětské ambasádě uskutečnil oběd na rozloučenou. Po řadě oficiálních setkání a neformálních akcí odletěl genplk. Vorobjov 27.6.1991 nákladním letounem An-26 z vojenského letiště Praha-Kbely jako poslední příslušník nyní již zaniklé Střední skupiny vojsk.