Druhá etapa odsunu sovětských vojsk z území Československa zahrnovala období od června do prosince 1990. Podle původního plánu se v této etapě mělo do Sovětského svazu vrátit 18 tisíc vojáků, cca 250 tanků a 300 BVP nebo obrněných transportérů. Rozhodující část z vracejících se vojsk by tvořila milovická 15.tanková divize s 11 tisíci vojáky. Doplňovat ji měla dělostřelecká brigáda z Jeseníků a protiletadlová brigáda z Kuřívod, společně s leteckým plukem z Hradčan a vrtulníkovým plukem ze Sliače. Na sklonku roku 1990 se současně předpokládalo zahájení odsunu zvolenské 30.motostřelecké divize.
Původní předpoklady ovšem doznaly podstatných změn, zejména s ohledem na souběžně realizovaný odsun Jižní skupiny sovětských vojsk z Maďarska (dohoda o něm byla uzavřena 10.3.1990) a neodvratně se blížící sjednocení Německa (smlouva o měnové, hospodářské a sociální unii mezi SRN a NDR byla podepsána v květnu 1990), což vyvolávalo nejistotu v otázce setrvání Západní skupiny sovětských vojsk na jeho území. Možný návrat více než 400 tisíc dalších vojáků do Sovětského svazu přiměl velení Střední skupiny sovětských vojsk urychlit odjezd podřízených jednotek. Šlo také o to, aby odsunovaní vojáci z povolání dostali v nových posádkách byty a existovalo v nich i odpovídající sociální zázemí pro jejich manželky a děti. Nedala se totiž vyloučit ani varianta zrušení vracejících se útvarů a s tím spojená existenční nejistota. Proto došlo v rámci 2.etapy odsunu k zahrnutí celé zvolenské divize a zahájení stahování i divize mladoboleslavské, přičemž se pro transfer kromě přechodu v Čierne nad Tisou začaly na čs.-polském pomezí využívat i železniční stanice Petrovice u Karviné (od června 1990) a Lichkov (od září 1990).
Velitelství a většina útvarů 15.tankové divize se nacházely v Milovicích (místní část Mladá) na teritoriu našeho nejstaršího vojenského výcvikového prostoru, který vznikl již v roce 1905. Jednalo se nejenom o nejpočetnější soustředění Střední skupiny sovětských vojsk, ale původně rovněž o jednu z největších posádek čs. armády. Do srpna 1968 zde byla dislokována téměř celá 13.tanková divize (13.td), která si následně musela hledat nové působiště. V posádce sloužilo přibližně čtyři tisíce příslušníků 13.td. Kromě toho se na letišti Boží Dar nacházely útvary čs. vojenského letectva čítající dva tisíce osob, které nahradily součásti sovětské 131.letecké divize (o nich bude pojednáno samostatně). Velení čs. armády se nejprve z operačních důvodů snažilo o setrvání 13.td v okolních posádkách (Mladá Boleslav, Turnov, Čáslav, Horní Počaply, Luštěnice, Jičín a Kostelec nad Labem). Když však některé z nich (Mladá Boleslav, Turnov, Luštěnice) rovněž připadly Střední skupině sovětských vojsk, nezbylo jiné východisko než přesunout 13.td na západní Slovensko. Své místo v bojové sestavě Čs. frontu by v případě potřeby musela zaujmout pochodem na vzdálenost několik stovek kilometrů.
Rozsáhlý milovický vojenský areál tak opustily: velitelství 13.td, 13.spojovací prapor, 3.rota chemické ochrany, 3.zdravotnický prapor (redislokovány do Topolčan), 15.tankový pluk a 13.technická opravna (do Martina), 3.protiletadlový oddíl (do Nitry), 1.ženijní prapor (do Seredě), 53.automobilní prapor (do Hlohovce) – všechny útvary zůstaly součástí 13.td. Dále se 103.tankový pluk redislokoval z Milovic do Humenného, kde byl podřízen popradské 14.td, zatímco 8.motostřelecký pluk se přesunul z Mladé Boleslavy do Bratislavy a 13.průzkumný prapor z Luštěnic do Levic (oba setrvaly ve složení 13.td) a 361.dělostřelecký pluk z Turnova do Uherského Hradiště (předán do podřízenosti kroměřížské 3.msd). V původních posádkách setrval pouze čáslavský 13.tp (stal se součástí havlíčkobrodské 4.td) a 13.samostatný raketometný oddíl s taktickými raketami LUNA-M dislokovaný ve VVP v zámečku Bon Repos (přešel do složení 311.těžké dělostřelecké brigády). Zbývající 3.školní tankový prapor v Milovicích zanikl. S příchodem do nových posádek byla divize převedena na snížené počty a před případným přesunem do bojové sestavy Čs. frontu by musela být nejprve posílena mobilizačními doplňky čítajícími několik tisíc osob.
Podle „protokolu“ ke Smlouvě o podmínkách dočasného pobytu sovětských vojsk na území ČSSR ze dne 16.10.1968 měly být v posádce Milovice uvolněny pro potřeby Střední skupiny sovětských vojsk objekty o úhrnné ploše cca 85 tisíc m2, z toho 45 tisíc m2 pro ubytování, 30 tisíc m2 pro skladování a 10 tisíc m2 pro garážování.
Prázdné objekty obsadila především 15.gardová Mozyrská tanková divize (velitel genmjr. Alexandr Zajcev). Do Československa se přesunula v srpnu 1968 z Brestu na území Běloruského vojenského okruhu a během invaze prošla celé Slovensko a severní Moravu, až se dostala do středních Čech. Dále se v Milovicích usadilo velitelství nově vytvořené Střední skupiny sovětských vojsk (společně s útvary bojového, technického a týlového zabezpečení), velitelství 131.letecké divize a část jemu podřízených útvarů (včetně jednoho leteckého pluku). V Milovicích se tímto způsobem konstituovala největší sovětská posádka na území Československa. Hlavní údernou sílu divize tvořily tři tankové pluky (29.gardový Idrický, 239.gardový Vitebský a 244.gardový Lodzinský) a jeden motostřelecký (295.gardový), které se společně s téměř celým divizním kompletem ubytovaly v Milovicích (oddíl taktických raket, průzkumný prapor, spojovací prapor, rota chemické ochrany, automobilní prapor, zdravotnický prapor a technická opravna).
Další útvary 15.gardové Mozyrské tankové divize se nacházely v Trutnově (914.Kyjevský dělostřelecký pluk), Bohdanči (282.Bělostocký protiletadlový pluk) a Zdechovicích (152.ženijní prapor).
Trutnov muselo opustit pět stovek vojáků 253.silničního praporu, jejichž novým působištěm se stala posádka Horní Počaply. Mobilizační pobočka Vojenského lékařského výzkumného a doškolovacího ústavu zanikla a její materiál byl přestěhován do Hradce Králové. Podle „protokolu ke smlouvě“ měly být pro potřeby sovětských vojsk uvolněny objekty o úhrnné ploše 5900 m2, z toho 3300 m2 pro ubytování, 900 m2 pro skladování a 1700 m2 pro garážování. Počátkem října zástupci sovětské armády převzali objekty o ploše 4800 m2 (bez započítání garáží).
Posádka Bohdaneč doposud sloužila pro potřeby 135.silničního mostního praporu. Pět stovek jeho příslušníků se nejprve odstěhovalo do Přelouče, zde ale na sklonku dubna následujícího roku útvar zanikl. Podle „protokolu“ měla sovětská vojska v Bohdanči převzít objekty o ploše cca 5300 m2, z toho 1700 m2 pro ubytování, 2800 m2 pro skladování a 800 m2 pro garážování. Ve dnech 7.-9.10.1968 představitelé sovětské armády převzali objekty o ploše 3800 m2 (bez započítání garáží).
Ve Zdechovicích byl doposud dislokován 254.silniční stavební prapor, u kterého sloužilo pět set mužů. Na přelomu září a října 1968 se útvar odstěhoval do Přelouče. V posádce mělo dojít k uvolnění objektů o úhrnné ploše cca 5000 m2, z toho 3400 m2 pro ubytování a 1600 m2 pro skladování. V první říjnové dekádě zástupci sovětské armády převzali objekty o ploše 5000 m2 (bez započítání garáží).
V průběhu dvacetileté přítomnosti v Československu doznala 15.gtd jen minimum změn. Během 70. a 80.let došlo pouze k rozšíření roty chemické ochrany na prapor, přeměně automobilního praporu na prapor materiálního zabezpečení a transformaci technické opravny na prapor oprav techniky. Největší změny nastaly v roce 1989. Během přechodu na tzv. obrannou strukturu sestavu divize opustily 239.gtp a 244.gtp, přičemž ji naopak doplnil 360.tp ve Stráži pod Ralskem od 18.gmsd a nově konstituovaný 721.gmsp v Milovicích, v důsledku čehož měla nadále po dvou tankových a dvou motostřeleckých plucích. Zároveň byl oddíl taktických raket redislokován do Hvězdova a podřízen nově zřízené 442.raketové brigádě. Divize nadále čítala 11 tisíc vojáků, přičemž 7500 se jich nacházelo přímo v Milovicích. Jednalo se o druhou nejpočetnější divizi Střední skupiny sovětských vojsk (primát připadl mladoboleslavské 18.gmsd s 13 tisíci vojáky). Společně s dalšími součástmi, zejména velitelstvím „skupiny vojsk“, velitelstvím 131.letecké divize, stíhacím leteckým plukem a jejich zabezpečovacími útvary, sloužilo přímo v Milovicích počátkem roku 1990 více než 13 tisíc vojáků. Šlo o více než dvojnásobek původních početních stavů čs. armády z roku 1968. Během 1.etapy odsunu se jejich počet příliš nesnížil a počátkem 2.etapy zde zůstávalo téměř 12,5 tisíce vojáků. Z divizních útvarů posádku opustil pouze 910.prapor materiálního zabezpečení, který se přestěhoval do objektů uvolněných v posádce Jiřice. Celkem 15.gtd před zahájením svého odsunu disponovala 300 tanky, 600 BVP nebo OT, 190 dělostřeleckými prostředky ráže 100 mm a výše. Její početní stavy se v důsledku propuštění části mužstva do zálohy po odsloužení prezenční služby snížily na 9500 vojáků, z toho 2800 mimo Milovice. V posádkových skladech se nacházelo téměř 5600 tun munice.
Jako první z útvarů 15.gtd opustil výcvikový prostor 517.prapor chemické ochrany ve dvou železničních transportech vypravených z milovického nádraží 2. a 3.6.1990. Následoval ho 282.Bělostocký protiletadlový raketový pluk z Bohdanče, jehož šest transportů odjelo z nádraží ve Stéblové ve dnech 25.-30.6.1990. V červnu začal odsun dalších tří útvarů divize, nicméně se vždy jednalo o jeden transport, což mělo spíše symbolický význam a bylo možné je prezentovat jako počátek odchodu z posádky či odsunu bojových útvarů. Zdechovice začal 24.června opouštět 152.ženijní prapor, jehož transport navagonoval na blízkém nádraží v Řečanech. Dalších pět transportů však následovalo až ve dnech 16.-21.8.1990. První transport 295.gardového motostřeleckého pluku opustil nádraží v Milovicích 22.června, nicméně dalších pět bylo vypraveno v červenci a 22 v srpnu, přičemž poslední odvážel sovětské vojáky do vlasti až 1.září. O symbolice lze hovořit i v případě 29.gardového Idrického tankového pluku. První transport byl sice vypraven z Milovic 21.června, nicméně dalších 16 následovalo až ve dnech 7.-29.září. Mezitím vyklidil Stráž pod Ralskem 360.tankový pluk, jehož 15 transportů opouštělo nádraží v Mimoni postupně ve dnech 2.-18.srpna. Kasárna v Trutnově v uvedeném měsíci uvolnil také 914.Kyjevský dělostřelecký pluk. Jeho první transport odjel v předstihu 14.července a dalších deset následovalo 1.-7.srpna. V následujících měsících opouštěly Československo zbývající zabezpečovací útvary 15.gtd. Počátkem září odjel 910.prapor materiálního zabezpečení, jehož dva transporty navagonovaly v Milovicích a dalších sedm v Lysé nad Labem. Koncem téhož měsíce opustil Milovice transport 119.zdravotnického praporu. Během srpna a září odjely čtyři transporty pod hlavičkou divize, nicméně je pravděpodobné, že odvážely rovněž 215.spojovací prapor. Posledním odsunovaných útvarem 15.gtd během roku 1990 se stal 142.prapor oprav techniky (prote). První tři transporty byly vypraveny počátkem října a čtvrtý je doplnil 29.října. Poslední transport 142.prote a zároveň i 15.gtd v roce 1990 opustil Československo přes železniční stanici Čierna nad Tisou 31.října v 16.55 hod. Celkem bylo pro odsun 15.gtd během 2.etapy použito 104 transportů, z toho 71 odjelo přes Petrovice u Karviné.
Po skončení odsunu většiny útvarů zůstaly ze sestavy divize v Milovicích pouze 721.gardový motostřelecký pluk (bez jednoho motostřeleckého praporu a tankové roty, které byly odsunuty společně s jinými útvary divize) a 81.prapor průzkumu a REB. Společně se samostatným 259.praporem ochrany a zabezpečení zajišťovaly střežení velitelství Střední skupiny sovětských vojsk a představovaly poslední bojové útvary v posádce.
Útvary 15.gardové Mozyrské tankové divize byly po svém příjezdu do SSSR dislokovány na území Přivolžsko-Uralského vojenského okruhu v Jekatěrinburgu.
Vzhledem k využívání posádky Milovice velitelstvím Střední skupiny sovětských vojsk a dalšími útvary, došlo k navrácení objektů tábora I a II až na závěr 3.etapy odsunu. Rovněž tak v případě Bohdanče se počítalo s předáním nemovitostí až na sklonku odchodu sovětských vojsk, protože zde byly dislokovány další útvary. V Trutnově příslušníci sovětské armády uvolnili v červenci 1990 muniční sklad Volanov a počátkem srpna i Krkonošská kasárna, posádkové cvičiště a střelnici, společně se 160 bytovými jednotkami. Na 22.výročí sovětské okupace opustili ve Zdechovicích zámek, autopark a 90 bytů. Kasárna ve Stráži pod Ralskem převzali zástupci čs. armády v září 1990, společně se 140 malometrážními byty. Všechny uvolněné nemovitosti postupně přešly do vlastnictví civilního sektoru.