Do odsunu součástí Střední skupiny vojsk byly v rámci 1.etapy, probíhající od 26.února do 31.května 1990, zahrnuty kromě 31.Viselské tankové divize (únor-březen) a 48.Ropšinské motostřelecké divize (duben-květen), rovněž další velitelství, svazky a útvary. Jednalo se především o velitelství 28.armádního sboru v Olomouci a jeho zabezpečovací útvary. Dále je následovaly raketové brigády z Turnova a Hvězdova, které byly vyzbrojeny raketovými komplety země-země, včetně jejich pohyblivé raketové technické základny z VVP Libavá. Složení vojenského letectva opustil vrtulníkový pluk z Olomouce, průzkumná letka z letiště Boží Dar a letka bezpilotních průzkumných prostředků z Luštěnic. Z útvarů v bezprostřední podřízenosti milovického velitelství skupiny se jednalo o prapory REB a protichemické ochrany. Zahájen byl rovněž odvoz munice a týlového materiálu.
Z výše zmíněných útvarů byl jako první odsunut 129.prapor chemické ochrany z Červené Vody. Jeho transport byl vypraven již 28.března 1990 z nádraží v Dolní Lipce a odvezl necelé dvě stovky vojáků.
Následně proběhl odsun 1857.pohyblivé raketové technické základny (VÚ-84205) z Kozlova ve VVP Libavá. Zmíněný útvar byl na území Československa dislokován od prosince 1983 a jeho původním úkolem bylo zabezpečovat 122.raketovou brigádu s operačně-taktickými raketami OTR-22 (Temp-S), která se ve stejné době ocitla v Hranicích na Moravě jako reakce států Varšavské smlouvy na rozmístění střel s plochou drahou letu a raket Pershing-II na území západoevropských členů NATO. Po podepsání dohody o likvidaci raket středního a kratšího doletu 8.prosince 1987 byla brigáda v únoru následujícího roku odsunuta zpět do SSSR. V Československu ovšem zůstala zmíněná pohyblivá raketová technická základna, jejímž úkolem bylo zabezpečit skladování, kontrolu a převoz jaderných hlavic (včetně jejich následného sestykování s nosiči jaderných zbraní) k raketovým útvarům Střední skupiny vojsk. Odsun speciální techniky a tří stovek příslušníků základny proběhl ve třech železničních převozech ze stanice Domašov a jednom automobilním transportu ve dnech 1.-5.dubna 1990. Opuštěný kasárenský areál i s 60 byty převzala čs. armáda 4.května 1990.
Na počátku dubna 1990 se začala chystat k odjezdu taktéž 442.raketové brigáda z Hvězdova ve VVP Mimoň. Jednalo se o jednu z nejmladších součástí Střední skupiny vojsk, která vznikla v předcházejícím roce. V rámci přechodu na tzv. obrannou strukturu byly totiž dosavadní oddíly vojskových raket odejmuty vševojskových divizím a sloučeny do jednoho celku. Obdobné opatření na sklonku roku 1989 učinila i čs. armáda. Nově vzniklá 442.raketová brigáda (VÚ-59955) čítala šest stovek vojáků a disponovala 18 odpalovacími zařízeními moderních taktických raket Točka. První železniční transport byl vypraven 3.dubna a v krátkých intervalech následovaly další, takže již 8.dubna odjížděl poslední – v pořadí pátý transport. Převozy po železnici doplnila i jedna automobilní kolona. Železniční transporty opustily republiky do jednoho až dvou dnů, zatímco přesun po silnici si s povinnými přestávkami vyžádal tři dny. Uvolněná kasárna Hvězdov-II převzala čs. armáda koncem června.
Počátkem dubna 1990 začal odsun sovětských vojsk z Olomouce, která představovala druhou největší posádku na území Československa. Střední skupina vojsk měla ve svém užívání značné množství objektů, které jim před téměř 22 lety uvolnila čs. armáda. Na přelomu září a října 1968 musely olomouckou posádku opustit především útvary 10.letecké armády a 7.armády PVOS, ale i vojskového letectva. Konkrétně se jednalo o 12.vrtulníkový pluk, 2.letištní prapor, 18.prapor RTZ (všechny se přemístily do Prostějova, kde v následujícím roce zanikly), 1.letištní stavební prapor (odešel do Lipníku nad Bečvou) a 331.vrtulníkový roj (přesunul se do Prostějova). Stísněné ubytovací poměry v posádce vedly následně v září 1969 ke zrušení velitelství silničního sboru, velitelství 46.dopravní výsadkové letecké divize a velitelství 5.letecké technické divize. Představitelé sovětských útvarů ve dnech 5.-23.10.1968 převzali velitelskou budovu, kasárna Jana Jiskry z Brandýsa, kasárna Prokopa Holého, kasárna Tabulový vrch, Frunzeho kasárna, barákový tábor Nový Svět, fort XX, prachárnu 7, sklady u Rohelské brány, sklady Olšany-Lutín, sklady PHM Řepčín, skladištní objekt Povel a letiště v Neředíně, u něhož následně vybudovali automobilní opravárenský závod. Počátkem roku 1990 v olomoucké posádce sloužilo okolo 4500 vojáků a 600 občanských pracovníků, přičemž největší útvary představovaly 322.motostřelecký pluk a 490.vrtulníkový pluk. Pro rodinné příslušníky bylo k dispozici celkem téměř 1600 bytů, zejména v lokalitách Pasteurova ulice, Přichystalova ulice, Nový Svět, Tabulový vrch a Neředín.
Jako první začal Olomouc opouštět 490.vrtulníkový pluk (VÚ-40346). I v jeho případě se jednalo o jeden z nejmladších útvarů Střední skupiny vojsk, protože vznikl během roku 1989 sloučením vrtulníkových letek vševojskových divizí. Mezi jeho zabezpečovací útvary náležely 488.letištní prapor a 239.prapor spojení a RTZ. Na letišti v Olomouci-Neředíně se ovšem nacházely pouze dvě vrtulníkové letky, zatímco další dvě byly dislokovány ve Sliač u Zvolena. První část vzdušného sledu pluku zastoupená 10 vrtulníky opustila olomoucké letiště 5.dubna 1990. Druhá část představovaná 39 vrtulníky Mi-24 a Mi-8 o něco později nejprve přistála na letišti Sliač. Zde se k nim připojilo dalších 42 vrtulníků a ve dnech 9.-10.dubna zamířily na letiště Klokovo v Moskevském vojenském okruhu. Jako poslední odletěl 20.dubna 1990 vrtulník s příslušníky velitelství 28.armádního sboru. Pozemní sledy zaplnily 11 železničních transportů, které vagónovaly v olomouckých nádražích Bělidla a Černovír ve dnech 1.-19.dubna. Z nádraží ve Vlkanové u Zvolena bylo ve dnech 1.-9.dubna vypraveno dalších šest železničních transportů. Poslední transport odjel 17.května a odvážel 333.rotu spojení a RTZ, která po odletu vrtulníků ze Sliače již nebyla zapotřebí.
Posádku Olomouc během dubna 1990 opustilo i velitelství 28.armádního sboru, včetně podřízených úřadů a zabezpečovacích útvarů či jednotek, tj. především 14.spojovacího praporu, 104.radiotechnického praporu a 719.strážního praporu. K jejich odsunu bylo zapotřebí 12 železničních transportů, které ve dnech 4.-24.dubna odjížděly ze železničních stanic Olomouc-Černovír, Olomouc-Bělidla a Velká Bystřice. Kromě toho je doplnil jeden automobilní převoz. Ve druhé polovině dubna Olomouc opustil taktéž 322.motostřelecký pluk 48.motostřelecké divize (viz předcházející kapitola).
Odjezdem uvedených útvarů byla v dubnu a květnu uvolněna kasárna Prokopa Holého, velitelská budova, Dům Družby, vojenská soudní budova, fort XX a prachárna 7, které převzal Městský národní výbor v Olomouci. V případě kasáren Tabulový vrch I se jejich staronovým uživatelem stala čs. armáda, která v červnu získala zpět i letiště v Neředíně. Jiskrovy kasárna a barákový tábor Nový Svět se rozdělily mezi město a armádu. Z útvarů sovětské armády ve městě setrvala pouze část 7.spojovací brigády a týlová zařízení či sklady. V olomoucké posádce koncem května 1990 zůstala necelá tisícovka vojáků a téměř šest stovek občanských zaměstnanců.
Ve 2.polovině května proběhl odsun dvou menších leteckých útvarů. Jednalo se 100.průzkumnou letku z letiště Hradčany a 271.letku bezpilotních průzkumných prostředků v Luštěnicích. Vzdušný sled průzkumné letky reprezentovaný 14 letouny Su-17 opustil hradčanské letiště ve dnech 18.-24.května. Dodatečně k nim bylo započítáno i 5 letounů, které se již před zahájením odsunu nacházely na opravě v Sovětském svazu. Pro potřeby pozemního sledu byly ze železniční stanice Mimoň vypraveny ve 2.polovině května čtyři transporty. Letka zamířila na letiště Mončegorsk na poloostrově Kola, kde byla rozpuštěna. Koncem května byla dvěma transporty odsunuta z Hradčan také 166.letištní rota. Pro transfer letky bezpilotních průzkumných prostředků, vybavené 8 komplety VR-3 Rejs, byly v téže době zapotřebí tři transporty. Posádku Hradčany i Luštěnice zároveň opustily dva prapory radioelektronického boje.
Posledním velkým organizačním celkem, odjíždějícím z Československa na závěr 1.etapy odsunu, se stala 185.gardová Stalingradská raketová brigáda z Turnova (VÚ-82873). Svazek nepatřil mezi vojska, která vstoupila do Československa v noci z 20. na 21.srpna 1968, ale byl na jeho území přesunut po krátké době. Původní posádkou brigády bylo město Chyrov na teritoriu Přikarpatského vojenského okruhu. V posádce Turnov ji na přelomu září a října 1968 uvolnil kasárna Jana Švermy 361.dělostřelecký pluk, který se musel přestěhovat do Uherského Hradiště. Zároveň odešel i 80.cisternový prapor (do Čáslavi) a zanikla pobočka jaroměřské vojenské nemocnice (materiál převezen do Nové Říše). Na počátku roku 1990 u brigády sloužilo téměř tisíc vojáků a její hlavní výzbroj představovalo 12 odpalovacích zařízení pro operačně taktický raketový komplet 9K72 Elbrus (R-300). Odsun brigády proběhl v osmi transportech ze železničních stanic Turnov a Mimoň ve dnech 22.-29.5.1990. přičemž odpalovací zařízení byla odvezena během posledních tří dnů. Kromě odsunu výše uvedených svazků a útvarů byl zahájen odvoz materiálních zásob Střední skupiny vojsk z posádky Milovice a rovněž tak transfer některých stavebních a opravárenských útvarů, které vzhledem k perspektivě úplného odsunu sovětských vojsk z území Československa již neměly uplatnění.