K součástem Střední skupiny vojsk, odjíždějícím od června do prosince 1990 během 2.etapy odsunu, kromě již uvedené 15.gardové Mozyrské tankové divize (červen–říjen), 30.gardové Irkutsko-Pinské motostřelecké divize (září–prosinec) a částečně i 18.gardové Insterburgské motostřelecké divize (od září), náležely také svazky a útvary vojska protivzdušné obrany, dělostřelectva, vojenského letectva či spojovacího vojska, společně s výcvikovými, skladovými a opravárenskými zařízeními. Československo v této etapě opustily zejména protiletadlová brigáda z Kuřívod, dělostřelecká brigáda z Jeseníku, stíhací bombardovací pluk z letiště Hradčany či vrtulníkový pluk z letiště Sliač u Zvolena. Začalo rovněž stahování spojovacích útvarů z Milovic a Olomouce či útvaru radiotechnického průzkumu z Bohdanče. Souběžně pokračoval odvoz munice a týlového materiálu.
Prvním velkým odjíždějícím svazkem se stala 5.protiletadlová raketová brigáda (VÚ-80834) z lokality Kuřívody ve VVP Mimoň. Jednalo se o původní 919.protiletadlový raketový pluk, který byl před svým přesunem do Československa dislokován ve městě Svaljava a patřil do složení Přikarpatského vojenského okruhu. V roce 1971 proběhla jeho reorganizace na 5.protiletadlovou raketovou brigádu vyzbrojenou komplety 2K11 KRUG. V roce 1989 začalo přezbrojování svazku na nové protiletadlové raketové komplety BUK-M1. Počátkem roku 1990 u brigády sloužilo 900 vojáků. Odjezd brigády proběhl ve dnech 15.-28.6.1990 z nádraží v Mimoni a Milovicích, přičemž k němu bylo zapotřebí 12 železničních transportů, které odvezly 44 protiletadlových raketových kompletů a 36 tažených dvojkanonů ZU-23. Novým působištěm brigády se stalo město Šuja, kde tvořila součást 13.gardového armádního sboru podléhajícího velení Moskevského vojenského okruhu.
Na odjezd brigády navázal odsun dalších útvarů protivzdušné obrany Střední skupiny vojsk. VVP Kežmarok již 19.6.1990 opustila obsluha střelnice PVO. Počátkem července začalo stahování 2432.protiletadlové raketové technické základny (VÚ-45841) z lokality Jabloneček ve VVP Mimoň. U útvaru byly skladovány protiletadlové rakety pro potřeby Střední skupiny vojsk. Technika i personál vagónovaly na nádraží v Mimoni a k jejich odsunu bylo vypraveno pět železničních transportů ve dnech 2.-13.7.1990. Stejný počet transportů posloužil ve dnech 14.-23.7.1990 k odjezdu posledního útvaru PVO. Jednalo se o 57.radiotechnický prapor (VÚ-66503) z Neratovice-Byškovic, jehož odloučené radiotechnické hlásky se nacházely v lokalitách Bělá pod Bezdězem, Borovno-Míšov, Pertoltice pod Ralskem a Třemošná.
Dalším odjíždějícím svazkem se stala 211.gardová Sandoměřská dělostřelecká brigáda (VÚ-93751) z Jeseníku. Jednalo se o původní 238.dělostřelecký pluk vyzbrojený 130mm kanony M-46, který se do ČSSR přesunul z posádky Žmerynka ve Vinické oblasti na Ukrajině. V novém působišti mu musel uvolnit místo 8.železniční stavební pluk, který se přestěhoval do Olomouce, kde na podzim následujícího roku zanikl. V Jeseníku se tak uvolnila kasárna Pod Šerákem, společně s cvičištěm Bobrovník a muničním skladem Domašov. Sovětské armádě byly předány objekty o celkové ploše 9500 m2. V roce 1983 došlo k reorganizaci dělostřeleckého pluku na brigádu. Výzbroj 211.gdb tvořily tažené 152mm kanonové houfnice D-20 a samohybné 152mm kanony 2S5 GIACINT na pásovém podvozku. Od roku 1988 probíhalo přezbrojení brigády na samohybné 152mm kanonové houfnice DANA. Na začátku roku 1990 u ní sloužilo 1400 vojáků, kteří disponovali 104 samohybnými a 10 taženými děly. Pro odsun brigády bylo zapotřebí 15 železničních transportů odjíždějících ve dnech 9.-31.7.1990. Osiřelá kasárna v Jeseníku převzali zástupci civilního sektoru, zatímco novým působištěm 211.gdb se stalo město Mulino v Moskevském vojenském okruhu.
V průběhu 2.etapy pokračoval taktéž odsun útvarů 131.Novgorodské smíšené letecké divize. Návrat do Sovětského svazu se v první řadě týkal 236.stíhacího bombardovacího leteckého pluku, který vzhledem k schopnostem jeho letounů provádět jaderné údery představoval hlavní útočnou sílu letectva Střední skupiny vojsk. Pluk se nacházel na letišti Hradčany ve VVP Mimoň, které musela čs. armáda na přelomu září a října 1968 urychleně vyklidit a předat sovětské armádě. Z útvarů dislokovaných na letišti se Fotoletecká skupina s letouny Il-14 a Vyhodnocovací fotografické středisko přesunuly do Hradce Králové, zatímco 2.stíhací bombardovací letecký pluk s letouny MiG-15 a vrtulníkem Mi-1 byl společně s 7.letištním praporem a 46.praporem RTZ zrušen. Stejný osud potkal i místní „S“ jednotky, tj. 46.rotu RTZ a 7.letištní rotu. Z letiště a přilehlých objektů odešlo 1300 vojáků a odletělo 40 letounů s jedním vrtulníkem. V souhrnu došlo k uvolnění objektů o ploše 10.500 m2 pro ubytování a 4000 m2 pro skladování. Na letišti v době invaze přistál sovětský 833.stíhací letecký pluk s 43 letouny MiG-21PFM z východoněmeckého Jüterbogu. Po odsunu invazních vojsk se zde nejprve usídlil 192.stíhací letecký pluk s letouny MiG-21bis, který byl po svém přezbrojení na MiG-23 vystřídán v roce 1984 nově příchozím 236.stíhacím bombardovacím leteckým plukem s letouny MiG-27K uzpůsobenými pro použití jaderných pum. Kromě toho zde v letech 1975 až 1989 působila vrtulníková jednotka (nejprve odřad, později letka) 18.gmsd a od poloviny 80.let rovněž 199.vrtulníková letka. Počátkem roku 1990 se na letišti nacházel 236.stíhací bombardovací letecký pluk (VÚ-45097), 932.letištní prapor a 573.prapor spojení a RTZ, společně s 199.vrtulníkovou letkou (VÚ-22766), 244.letištní rotou, 100.průzkumnou letkou (VÚ-26214, odsunuta v květnu 1990) a 83.letištním stavebním praporem, u kterých dohromady sloužilo 1300 vojáků a 100 občanských pracovníků. Pro potřeby leteckých útvarů zde bylo uloženo 3000 tun munice. Odsun techniky a materiálu letištního praporu byl zahájen již počátkem června a do poloviny srpna odjelo z nádraží v Mimoni celkem 18 železničních transportů. Další tři transporty odvážely ve dnech 17.-23.7.1990 materiál 236.stíhacího bombardovacího leteckého pluku, jehož vzdušný sled představovaný 29 bojovými letouny MiG-27K a 10 cvičnými MiG-23UB opustil letiště 21.7.1990. Mezi odsunuté letouny pluku byly později započítány i 4 letouny MiG-29K, které se již před zahájením odsunu nacházely v opravě v Sovětském svazu, ovšem nyní ve výkazech figurovaly jako nebojové. Ještě před návratem do vlasti byl pluk zrušen a jeho příslušníci se i s technikou přesunuli na letiště Daugavpils a Lielvarde v Lotyšsku. Pro odsun 573.praporu spojení a RTZ byly zapotřebí čtyři železniční transporty ve dnech 19.-26.7.1990. Kromě výše uvedených útvarů byla z letiště v Hradčanech počátkem září jedním železničním transportem odsunuta první část 83.letištního stavebního praporu. Letiště převzala čs. armáda kompletně až koncem května 1991, ale pro svoje potřeby je již nevyužila.
Během podzimu 1990 se uvolnilo i letiště ve Sliači u Zvolena, které používalo historické pojmenování Slovenského národního povstání, případně Tri Duby. Coby travnaté letiště ho čs. armáda užívala již od roku 1937, nicméně většina budov byla postavena až v roce 1939, respektive při jeho rozšíření v 50.letech. V souvislosti s předáním sovětské armádě v roce 1968 musel letiště na přelomu září a října opustit 4.letecký školní pluk, který disponoval letouny L-29, MiG-15UTI, Il-14 a vrtulníky Mi-1, jehož novým působištěm se stalo letiště v Piešťanech. Do stejné posádky se přemístily také 28.letištní prapor a 11.prapor RTZ, zatímco 10.opravny byly redislokovány do Prešova. Obě „S“ jednotky, tj. 11.rota RTZ a 28.letištní rota, zanikly. Sliačské letiště opustilo 1300 vojáků, 38 letounů a 8 vrtulníků. V souhrnu došlo k uvolnění objektů o ploše 6100 m2 pro ubytování a 1500 m2 pro skladování. Na letišti 22.září 1968 přistál sovětský stíhací pluk s 42 letouny MiG-21PF z Přikarpatského vojenského okruhu. Po krátké době ho nahradil 390.smíšený letecký pluk, který se ale později přesunul do Milovic. Novým uživatelem letiště se stal 114.Talinský stíhací letecký pluk s letouny MiG-21PF/PFM. V roce 1975 se útvar přesunul na letiště do Milovic, odkud přiletěla 100.průzkumná letka s letouny MiG-21R, přezbrojená počátkem 80.let na letouny Su-17M3R. Od roku 1977 se letiště Sliač stalo domovem pro 238.vrtulníkový pluk s vrtulníky Mi-24 a Mi-8. Kromě toho zde v letech 1975 až 1989 působila vrtulníková jednotka (nejprve odřad, později letka) 30.gmsd. V roce 1989 proběhlo sloučení vrtulníkových letek vševojskových divizí do 490.vrtulníkového pluku a na sliačském letišti byly dislokovány původní letky 30.gmsd a 15.gtd. Prostor jim musela uvolnit 100.průzkumná letka, která se v předešlém roce vrátila do Milovic. Počátkem roku 1990 se na letišti nacházel 238.vrtulníkový pluk (VÚ-41396), 362.letištní prapor a 463.rota spojení a RTZ, u kterých sloužilo 800 vojáků a 60 občanských pracovníků. Odloučené letky olomouckého 490.vrtulníkového pluku byly společně s 333.rotou spojení a RTZ zahrnuty do početních stavů olomouckého útvaru a letiště ve Sliači opustily již v dubnu 1990. Odsun 238.vrtulníkového pluku se uskutečnil v říjnu 1990, přičemž vzdušný sled představovaný 54 bojovými vrtulníky Mi-8 a Mi-24 odletěl ve dvou ešalonech 22.10.1990, zatímco pozemní sled ke svému odjezdu potřeboval 7 železničních transportů vypravených 4.-26.10.1990 z nádraží ve Vlkanové. Na sklonku roku bylo mezi odsunutou techniku útvaru dodatečně započítáno 6 vrtulníků, které odletěly již 22.10.1990, ale nejednalo se o bojové stroje. Přesun 362.letištního praporu a 463.roty spojení a RTZ do Sovětského svazu proběhl z téhož nádraží 9 železničními transporty ve dnech 20.10.-23.11.1990. Po krátké zastávce na letišti Kalinov v Přikarpatském vojenském okruhu, se pluk přesunul do posádky Ozinki-Slancevyj Rudnik v Přivolžsko-Uralském vojenském okruhu, kde byl sloučen s místním vrtulníkovým útvarem. Ve Sliači zůstala pouze likvidační skupina 362. letištního praporu, která měla za úkol připravit předání opuštěných objektů. Čs. armáda na sklonku listopadu 1990 převzala nejenom letiště SNP a letecká kasárna, ale i zaměřovač Badín, bližnou naváděcí stanici Hájníky, dálnou naváděcí stanici Dobrá Niva a muniční sklad Širiny. V lednu 1991 následovalo předání akumulačního skladu leteckých PHM ve Vlkanové (uloženo 15 tisíc tun PHM). Poslední transport 362.letištního praporu opustil nádraží ve Vlkanové 20.1.1991. V květnu téhož roku se na uvolněné letiště přesunula nově vytvořená 81.samostatná stíhací letka, která se po téměř čtvrt století stala prvním bojovým útvarem čs. vojenského letectva dislokovaným na území Slovenska.
V rámci 2.etapy odsunu opouštěly Československo taktéž útvary spojovacího vojska, radioelektronického boje či radiotechnického průzkumu bezprostředně podřízené velitelství Střední skupiny vojsk. V červnu odjelo z Hradčan 462.kontrolní středisko REB a ze zámku v Hostouni odloučená jednotka 233.radiotechnického pluku. Z Milovic je v září následoval 234.radioreleový prapor a v říjnu první část 304.spojovacího praporu, společně s úvodním transportem 130.spojovacího pluku z Jiřic. Počátkem října vyklidily kasárna na Tabulovém Vrchu v Olomouci dva odloučené prapory 7.spojovací brigády. V listopadu následoval odjezd další části 233.radiotechnického pluku z Bohdanče. Kromě odsunu výše uvedených svazků a útvarů pokračoval odvoz materiálních zásob Střední skupiny vojsk a rovněž tak transfer některých týlových útvarů. V červnu 1990 opustily Lutín-Olšany polní pekárny (tzv. chlebozavod), v červenci 1990 odjeli příslušníci proviantního skladu z Olomouce (uloženo 2900 tun materiálu) a skladu PHM z Janské u České Kamenice (uloženo 11.600 tun materiálu), v říjnu a listopadu 1990 byl odsunut automobilní opravárenský závod z Olomouce-Neředína. Zcela byly vyprázdněny pobočky centrálního skladu munice v Týništi nad Orlicí (4100 tun do konce června), Komárnu (9340 tun do konce července) a Kuřivodech (14.280 tun do konce října). V této etapě Československo opustily rovněž sklad zdravotnického materiálu z Bystřice pod Hostýnem, ženijní sklad z Nového Města na Váhem a vojenská nemocnice z Olomouce.